Н а 25 януари 1905 г. йеромонах Виктор бил назначен с указ на Светия Синод като старши йеромонах на Йерусалимската духовна мисия и от 1 април пристъпил към изпълнението на задълженията на мястото на новото си назначение. В състава на Мисията имало около четиридесет служители, от които един архимандрит, началник на Мисията, 5-6 йеромонаси и 2-3 йеродякони. Първото, което поразило енергичния пастир-мисионер, било отсъствието на конкретна мисионерска дейност в Мисията. О. Виктор отбелязва, че поклонниците, които идват в Светата земя от Русия се впечатляват силно от светините, които Руската духовна мисия е успяла да придобие като свое владение, и от външното богатство и великолепие на храмовете и зданията, построени от нея. Но в същото време няма ясна и определена концепция за целите на Мисията, за задачите и насоките на дейността ѝ в полето на същинската мисионерска работа. Членовете на Мисията са заети предимно със служенето на молебени, панихиди, църковни треби и събирането на пожертвования. Може би именно това положение на Мисията в Йерусалим като мисия-„требоизвършителка“ било причина йеромонах Виктор да напише две години по-късно, през януари 1907 г. на епископ Ермоген:

„Самият аз след заминаването от Хвалинск живея в голяма скръб. Неведнъж просих благословение от преосвещения Антоний да се върна обратно в Хвалинск, но той не ми отговаря на тази молба. Наистина, моето външно положение е несравнено по-добро, но оказва се, че това е нищо, след като няма вътрешен мир и сърдечна радост. И ето сега, когато пиша това писмо, аз не знам какво да правя или по-добре, не знам какво ще бъде утре. Владика Антоний ми пише да се укрепявам и да се занимавам с езици, което ще ми бъде полезно за в бъдеще, а аз му написах решително просително писмо да ме премести някъде от Йерусалим.“ Письма святителя исповедника Виктора (Островидова) и Алексея Брусникина к священномученику Гермогену (Долганеву) / Публ. И. Ковалевой //, Богословский сборник. – Вып. 10. – М.: Издательство ПСТБИ, 2002. с. 279 – 287.

Писмото е подписано: „Ваш вече многократно разкаял се непослушник и молитвеник пред Живоносния Гроб Господен, йеромонах Виктор“. Може да се предположи, че о. Виктор сам е пожелал да се отправи на служение в Йерусалим и не е послушал епископ Ермоген, който го е разубеждавал да не предприема това. А предложението, както и съдействието за заминаването му са могли да дойдат само от страна на „преосвещения Антоний“, когото сега йеромонах Виктор моли да го премести от Йерусалим. Най-вероятно именно по предложение на архиепископ Антоний (Храповицки) йеромонах Виктор е бил назначен в Йерусалимската мисия. След заминаването му архиереят се намирал в непрекъсната кореспонденция с него, така че бил в течение на всички дела на Мисията. През лятото на 1908 г., когато о. Виктор се завърнал за отпуска в Русия, той му предложил да изнесе доклад на IV-я Всеруски мисионерски събор, който се провел от 12 до 26 юли в Киев. Този събор, подготвен и проведен под ръководството на архиепископ Антоний, станал значимо събитие в църковно-обществения живот на страната. Присъствали митрополитите на Санкт-Петербург, Москва и Киев, 30 архиереи, оберпрокурорът на Светия Синод и неговият заместник, Киевският генерал-губернатор и общо 640 участници, повечето от които били духовенство. В заседанието на 18 юли йеромонах Виктор прочел обширен доклад. По собствените му думи, той го написал не като научен исторически трактат, а като „живо слово за живите нужди“ на Мисията. За това и много от мислите му звучат критично и нелицеприятно, но той не се смущава да ги изложи пред авторитетните и високопоставени лица. В думите му има и много горчивина: „пълна безжизненост“, „безцелност“ – той не се колебае да охарактеризира по този начин съществуването на Мисията.

„Трябва да признаем, че все още не сме имали в Йерусалим духовна мисия като посланичество от духовни лица на висшата църковна власт на Руската Църква с определени чисто църковни и религиозни цели. … Вместо това имаше посолство на светската власт от духовни лица със спекулативни цели, а резултатите от такова посланичество, както за нашето мисионерско дело на Изток под формата на подкрепа на Православието, така и въобще за нашите отношения с източната Църква, се оказаха твърде плачевни.“ Вятский исповедник: святитель Виктор (Островидов), Сикорская Л., Братонеж, М. 2010, сс. 437, 441.

Според о. Виктор недоразуменията между Мисията и източните йерарси са възникнали първо, заради самото неканонично посланичество на духовната Мисия от светската власт без съгласуване с източните светители, второ, заради инструкциите, които е трябвало да изпълняват руските църковни деятели на Изток.

„Наистина в основата на тези инструкции очевидно лежеше правилната и велика мисъл … за подкрепа на Православието на Изток …, но в действителност при тяхното практическо осъществяване те доведоха не до подкрепа на Православието, а колкото и да е странно, до неговото отслабване като цяло и в частност – до отслабването на нашите братски отношения с източната Църква. Причината е в това, че инструкциите, получавани от нашите църковни дейци, се изработваха от светски държавни лица, за които бяха водещи, разбира се, преди всичко интересите на руската държава, а не интересите на Православието; с помощта на вторите те винаги се надяваха да получат удовлетворяването на първите, тоест влияние на руската държава на Изток. Поради това ръководителите на Мисията, вместо да проявят ревност за Православието, бяха длъжни да се придържат в рамките на чисто дипломатическите отношения към всички, с които влизаха в контакт в Йерусалим. Тази руска църковна дипломация на отстояване на някакви свои руски интереси вместо общите интереси на Православието и на крайно невнимание и пренебрежение спрямо гръцката Църква вместо проява на братски отношения на любов и взаимопомощ, всичко това постави Мисията на неправилния път, който доведе до нейното пълно умъртвяване.“ Вятский исповедник: святитель Виктор (Островидов), Сикорская Л., Братонеж, М. 2010, сс. 442-443.

На духовните дейци на Изток се внушавало, че трябва да работят за „преобразяването“ на гръцкото духовенство в лицето на архипастирите и на самите предстоятели на източните патриаршии.

„Тези инструкционни внушения – да се преобразява, да се превъзпита източната йерархия, издържала страшна вековна борба за Православието и успяла да го съхрани в цялата му чистота – тази прекалено смела, ако не и твърде наивна тенденция, е могла да се породи само в умове, стоящи твърде далеч от разбирането на религиозните истини за живота. Самият тон на подобно отношение – влияние от висотата на някакво свое превъзходство – не е тонът на взаимоотношенията между две църкви в полза на общите интереси на тяхната вяра и дейност. В основата на подобно отношение се поставя не братската любов на смиреното служение, а горделивото чувство на превъзнасяне, в случая – на превъзнасяне пред много по-старшите от нас, които са ни родили и възпитали духовно и това, разбира се, не можеше да не оскърби източните светители.“ Пак там.

„’Ние няма на какво да се учим от гърците, самите ние трябва да ги учим, минаха ония времена’ – и прочие и прочие разсъждения в този дух чуваме на всяка крачка, особено от хора, които са били на Изток и са видели външната бедност на гръцките църкви и въобще угнетеното положение на източното духовенство под турското иго. Няма да опровергавам това неправилно по същество мнение, само ще кажа, че в религиозния живот и просвещение още от времената на самите апостоли никога първо място не са заемали образоваността, учеността с външен блясък, а вярата и любовта, които от никого и при никакви обстоятелства не могат да бъдат отнети, а следователно – и от източните християни, носещи тежкия кръст на робството.“ Пак там.

О. Виктор подчертава, че източните църкви от много векове живеят без държавна подкрепа и това е голямо духовно преимущество за тях:

Ние едва-що стъпваме на самостоятелния, без държавна поддръжка живот, а източните църкви живеят самостоятелно под чуждото, често угнетяващо ги турско правителство в продължение на много векове и в страшния огън на борбата със свободно ширещите се на Изток папизъм и протестантизъм и всякакво друго сектантство.“ Пак там.

При отчитането на всички тези обстоятелства йеромонах Виктор прави извода:

Йерусалимската мисия по никакъв начин не е могла и до сега не може да осъществи своето велико предназначение, под флага на което е била изпратена от правителството: подкрепа на Православието в центъра на религиозните интереси на всички християни – Светата земя.“ Пак там.

Верният път за излизането от това положение о. Виктор вижда така:

„Единството на вселенската Православна Църква вън от всякакви национални интереси безусловно трябва да бъде поставено в основата на възможната наша обща дейност на Изток.“ Пак там.

Нещо повече, йеромонах Виктор вижда в това единство най-силното средство в подкрепа и на вътрешната мисия – сред самото руско общество:

„Само този догмат на единството, изповядан отново от нас, може да даде на Православната Църква както вътрешна устойчивост, така и сила за борба с всички иноверия, наводнили както Палестина, така и нашата собствена страна. Ние трябва да изповядваме този догмат с ума, със сърцето си и посредством всяка откриваща се пред нас възможна църковна дейност.“ Пак там.

„Само така – като обнови своите отношения с източната Църква на началата на единното Православие – нашата Руска Църква ще бъде в състояние да изпълни чрез Йерусалимската Мисия своята главна задача – подкрепата за вярата на Изток, а заедно с това тя ще има възможност да осъществи чрез същата тази Мисия не по-малко важното си задължение и по отношение на своя собствен руски народ и в частност – по отношение на разколниците (о. Виктор има пред вид старообрядците – бел. моя, м. В.).“ Пак там.

„Възможността за това се заключава в ежегодното десетохилядно струпване на руски народ [в Палестина] от всички краища на Русия, при това в най-възвишено религиозно настроение – осъзнаване на собствената греховност и всецяло отдаване в служба на Бога чрез подвига на поклонничеството.“ Пак там.

„Особено, ако обърнем внимание на това как руския народ се отнася в дълбочината на своята душа към светия град Йерусалим и всичко, което произхожда от него или въобще има някаква връзка с него. Вече само името Йерусалим предизвиква неволен радостен трепет, благоговение и то даже у хора индиферентни към религията и хладни към делото на своето спасение.“ Пак там.

Върху Мисията лежи дългът за благотворно въздействие върху поклонниците и чрез тях – върху руския народ. Това според о. Виктор може да се осъществява със същите средства, с които следва да се прави и в самата Русия: системно провеждани четения и беседи за истините на православната вяра, издаване на достъпни по съдържание брошури, листовки, книги.

„При сегашното положение на нещата, когато Мисията няма нито правото, нито задължението да ръководи поклонниците и при пълното отсъствие [в Мисията] на що-годе способни лица да провеждат религиозно-нравствена просвета сред народа, това дело е напълно невъзможно. По съществуващата инструкция съставът на Мисията се попълва с хора прости и необразовани, които се изпращат от манастирите и често се затрудняват поради своята малограмотност да изпълняват дори своите преки задължения – отслужването на панихиди и молебени. При това тези труженици се изпращат за срок само от две години и гледат на своето пребиваване в Йерусалим като на отбиването на някаква повинност.“ Пак там.

Йеромонах Виктор засяга в доклада си и други важни въпроси с все същата искреност, откритост и нелицеприятие. Той завършва със следните думи:

„Ето това е всичко, което ми вложи Господ да изкажа пред вас. Не казвам: „мислех да кажа“, защото нищо подобно не съм мислил и не съм предполагал, а всичко се устрои от само себе си и неочаквано даже за самия мен.“ Пак там.

Наистина о. Виктор е бил подтикнат в последния момент от архиепископ Антоний (Храповицки) да вземе участие с доклад на подготвяния от него Всеруски мисионерски събор и това станало по стечение на обстоятелствата – по това време той се намирал в Русия в годишен отпуск. Много по-голяма обаче била изненадата от участието на о. Виктор в работата на мисионерския Събор за началника на Духовната мисия в Йерусалим, тоест за неговия пряк началник, архимандрит Леонид. По всичко личи, че той е бил твърде неприятно изненадан от нелицеприятния начин, по който о. Виктор изложил пред Събора проблемите на Йерусалимската мисия. Докладът направил впечатление и бил разискван на заседание на Светия Синод. От началника на Мисията бил поискан отчет за дейността и за мерките, които се предприемат за решаването на съществуващите проблеми. Изглежда че от този момент старшият йеромонах на Мисията, о. Виктор, е станал нежелан за началника на Мисията – архимандрит Леонид, който потърсил начин да се избави от него. Запазена е кореспонденция между архимандрит Леонид и Новгородския архиепископ Арсений, показваща, че в негово лице архимандритът е намерил синодален архиерей, който се отнесъл със съчувствие към възмущението му срещу самочинната от негова гледна точка проява на подчинения му йеромонах Виктор. Този проблем бил решен скоро. През месец януари 1909 г. изтичал вторият двегодишен срок на служение на йеромонах Виктор в Йерусалимската мисия и за трети срок той не бил оставен там. С Определение на Светия Синод той бил назначен за директор на духовното училище в град Архангелск и на 30 януари 1909 г. встъпил в изпълнение на новите си задължения. Може би, за да не бъде възприемано това преместване като наказание или като отрицателна оценка за работата му в Руската духовна мисия на Светата земя, на 31 януари йеромонах Виктор бил награден с нагръден кръст.

Така неочаквано за себе си о. Виктор получил желаното от него преместване от Йерусалим. Обаче и след завръщането в родината на него не му било лесно – след четиригодишно пребиваване в горещата Палестина той попаднал изведнъж посред зима в лютите студове на далечния северен Архангелски край – твърде далече от Саратовската губерния, от родното Поволжие и обичния му Хвалински манастир, където толкова се надявал да се завърне.